Trước khi có nơi giam giữ thường xuyên, Noriega bị giữ tại Trung tâm Giam giữ Quốc gia, cơ sở tại Miami.[23] Noriega thụ án tại Viện Cải tạo Liên bang, Miami, trong một khu vực tách biệt của Hạt Miami-Dade, Florida.[24]

Tháng 12 năm 2004, ông được đưa vào viện trong một thời gian ngắn sau một cơn đột quỵ nhẹ.

Theo Điều 85 của Công ước Geneva thứ BA,[25] Noriega vẫn được coi là một tù binh chiến tranh, dù lời buộc tội của ông với những hành động đã phạm trước lúc bị bắt bởi "quốc gia giam giữ" (Hoa Kỳ). Vị thế này có nghĩa ông ta có buồng giam riêng với các thiết bị điện tử và trang bị tập thể dục.[26] Buồng giam của ông đã được đặt tên là "the presidential suite".[27][28]

Án tù của Noriega được giảm từ 30 ngăm xuống còn 17 năm vì có thái độ tốt. Sau khi thụ án 17 năm, án tù của ông đã chấm dứt ngày Chủ nhật mùng 9 tháng 9 năm 2007.[4] Ông ấy bị Mỹ giam giữ trước khi bị dẫn độ sang Pháp.

Dẫn độ

Pháp đã yêu cầu dẫn độ Noriega sau khi ông bị kết án rửa tiền năm 1999.[26]Tháng 8 năm 2007, một thẩm phán liên bang đã thông qua yêu cầu từ chính phủ Pháp dẫn độ Noriega từ Hoa Kỳ về Pháp sau khi ông được thả. Noriega hiện đang đối mặt với một phiên toà mới với mức án lên tới 10 năm tại nhà tù Pháp, đã bị kết án vắng mặt vì rửa tiền. Noriega cũng đã phải nhận một mức án tù vằng mặt dài hạn tại Panama vì tội giết người và vi phạm nhân quyền. Noriega đã kháng án việc dẫn độ về Pháp bởi ông tuyên bố rằng nước này sẽ không trao cho ông quy chế tù binh chiến tranh.[29]Năm 1999, chính phủ Panama đã tìm cách dẫn độ Noriega về nước đối mặt với những cáo buộc ở Panama vì ông đã bị tuyên có tội vắng mặt năm 1995 và đã bị kết án 20 năm tù. Theo hệ thống luật pháp Panama ông có thể bị tuyên thực hiện án tù trong tình trạng quản thúc tại gia vì tuổi tác.

Có thông báo rằng có những tín đồ Thiên chúa giáo Phúc âm đã tới thăm Noriega, những người tuyên bố rằng ông đã trở thành một tín đồ Thiên chúa tái sinh.[30] Ngày 15-16 tháng 5 năm 1990, trong khi Noriega vẫn đang chờ bị xét xử, Clift Brannon, một cựu chưởng lý đã chuyển sang nghề thuyết pháp, và một phiên dịch tiếng Tây Ban Nha, Rudy Hernandez, đã được phép vào thăm ông trong sáu giờ tại Trung tâm Cải huấn Metropolitan của Hạt Dade, Florida. Sau chuyến thăm của họ, Noriega đã viết về Brannon như sau:

Khi hoàn thành những buổi cầu nguyện tôn giáo mà ông là một sứ giả của Lời nói của Chúa được đưa tới tim tôi, thậm chí tới nơi tôi bị giam giữ như một Tù binh Chiến tranh của Hoa Kỳ, tôi cảm thấy sự cần thiết phải thêm một số điều vào cái mà tôi có thể nói với ông khi chúng ta đã chia tay. Buổi cầu nguyện tối ngày 15 và 16 tháng 5 với ông và Rudy Hernandez cùng với sự giải thích và hướng dẫn Thiên chúa với tôi là ngày đầu tiên của một giấc mơ, một sự soi rạng. Tôi có thể nói với ông với sức mạnh và cảm xúc mạnh mẽ rằng nhận vị Chúa Jesus Christ của chúng ta như Người cứu rỗi được hướng dẫn bởi ông, là một sự kiện tinh thần. Những giờ đã trôi qua mà tôi không biết. Tôi có thể đã mong chúng sẽ tiếp diễn mãi mãi, nhưng không còn thời gian cũng như không gian. Cảm ơn ông về thời gian đó. Cảm ơn cho tình người ấm áp, cho sức mạnh tinh thần hằng hữu và liên tục được mang tới cho đầu óc và linh hồn tôi. - Với sự ngưỡng mộ to lớn, Manuel A. Noriega[31]

Ngày 20 tháng 2 năm 2010 các luật sư của Noriega đã đệ đơn thỉnh nguyện lên Toà án Tối cao Hoa Kỳ để ngăn cản việc dẫn độ sang Pháp. Điều này diễn ra sau khi toà án từ chối nghe thỉnh cầu của ông vào tháng trước đó.[32] Các luật sư của Noriega đang hy vọng rằng ý kiến không theo nhà thờ chính thống trong việc kết án đó, được viết bởi các Thẩm phán Clarence Thomas và Antonin Scalia, sẽ thuyết phục toà án xem xét trường hợp của ông. Ngày 22 tháng 3 năm 2010 Toà án Tối cao từ chối nghe thỉnh nguyện mà không có lời bình luận nào.[33] Hai ngày sau lời từ chối, Toà án Quận Hoa Kỳ tại Miami dỡ bỏ sự đình hoãn cản trở việc dẫn độ Noriega. Luật sư của Noriega nói rằng ông ta sẽ sang Pháp và tìm cách thu xếp một thoả hiệp với chính phủ Pháp.[34]

Ngoại trưởng Hillary Rodham Clinton sau này vào tháng 3 đã ký cái gọi là bảo đảm đầu hàng cho Noriega sau khi một thẩm phán liên bang tại Miami dỡ bỏ phong toả đình hoãn việc dẫn độ.[35]

Ngày 26 tháng 4 năm 2010, Manuel Noriega bị dẫn độ sang Pháp.[36]

Ngày 07 tháng 7 năm 2010 ông bị tòa án hình sự Paris kết án vì tội rửa tiền và phạt bảy năm tù.[37]

Panama yêu cầu Pháp cho phép dẫn độ, sau đó một tòa án của Pháp vào ngày 23 tháng 9 năm 2011 đã chấp nhận yêu cầu này.

Ngày 11 Tháng 12 năm 2011, ông được chuyển tới Panama để xét xử.[38] Kể từ đó đến nay, ông đang ở trong nhà tù "El Renacer", ngay cạnh kênh đào Panama.